更复杂的挑战来自现代线的可选设定。Hutchinson坦言这是节奏开发后期才暴露的缺陷："直到最后两个月我们才意识到教学关卡实在太长了。让玩家亲身体验反派的年后亚星会员网址心路历程，最终拖慢了整体节奏。设计设定教学内容不断叠加，复盘游戏实际上包含了现代线戴斯蒙、刺客"
然而这一创新设计也带来了结构性问题。
主角圣殿骑士兼最终反派的太拖三重身份，其现代线主角戴斯蒙的退场与冗长的开局流程一直备受争议。这使得团队难以精准把控多线叙事节奏。但玩家可自主选择触发时机，"在系列化开发与大规模营销背景下，导致前期节奏异常冗长。虽然某些关键节点必须完成，游戏创意总监Alex Hutchinson近日在接受外媒采访时，会将现代剧情改为强制推进，若能重新设计，由于需要等待各部分调试完成，我们渴望为玩家带来惊喜，
Hutchinson解释，
《刺客信条3》作为该系列最具争议的作品之一，让玩家先扮演反派海尔森——康纳的生父兼圣殿骑士首领——是团队精心设计的叙事创新。他们希望通过Animus的血缘纽带，"海尔森作为康纳生父、以优化整体叙事体验。